Guggenheim Bilbao museoa 1997an sortu zen, euskal administrazioen eta Solomon R. Guggenheim Foundation-en arteko salbuespenezko lankidetzaren ondorioz.
Guggenheim Bilbao Museoaren Fundazioaren gobernu-organo gorenak Patronatua eta Batzorde Betearazlea dira. Eguneroko eragiketak burutzeko, Zuzendaritza Nagusiaren menpe dauden zenbait jarduera-arlotan antolatzen da museoa: Idazkaritza Nagusia, Giza Baliabideak eta Kalitatea, Programazio Batzordea, Erakusketak eta Kontserbazioa, Komunikazioa eta Irudia, Informazio digitala, Garapena eta Finantzak.
98 langileko plantilla finkoa du (25 gizon, 73 emakume).
